במשך שנים היוו בתי המדרש מרחב דיון ופולמוס, כשבמרכזם ניצבת המחלוקת. לעיתים מוכרעת ולעיתים מועברת כלשונה וככתבה לדורות הבאים. החרדיות הישראלית בשפתה הנחרצת, ביקשה להכריע את המחלוקת. לדבר בדיכוטומיות, להבדיל בין אור לחושך. אך מתחת לאמירות הנחרצות והברורות נשמרים ונוצרים מתחים קיומיים, החרדיות העכשווית נדרשת להגדרת זהות מתחדשת, מותאמת לשינויי הדמוגרפיה, רואה נכוחה את התמורות, וגם רחוקה מספיק מאימת הפריץ ואיום החילון הציוני.

בית מדרש "לכתחילה" (מבית "והגותא") מבקש לשים את המחלוקת על הסטנדר ולמקם אותה על צירי המתח בין ישן לחדש, קהילה ופרט, שמיימי וארצי, פנים וחוץ. להוסיף משתני זמן ומצב לזהות החרדית המתגבשת, וליצור שפה המחזיקה את המתח, הפוקחת עין אל העבר ורואה נכוחה את ההווה.

בית המדרש יארח הוגים מגוונים מתוך הקהילה החרדית ומחוצה לה להובלת לימוד משותף והצעת גבולות גזרה ברוח "לכתחילה".

כל סדר נפתח בשיעור קצר בו מוצגת טענתו של הדובר המרכזי אודות הסוגיה. לאחר מכן מתקיימים דיון וליבון משותפים מונחים בין כל משתתפי בית המדרש. הלומדים המשתתפים מוזמנים לקחת חלק פעיל בדיונים עצמם, וכן בכתיבת הרחבות לרעיונות שיהדהדו בין כותלי המרחב הוירטואלי.